À la fin du premier film, le puissant mage noir Gellert Grindelwald (Johnny Depp) est capturé par le Congrès magique des États-Unis d’Amérique avec l’aide de Norbert Dragonneau (Eddie Redmayne). Toutefois, mettant sa menace à exécution, Grindelwald s’évade et se met à la recherche de fidèles pour concrétiser à l’insu de tous ses véritables intentions : créer une cellule de sorciers de sang-pur destinée à dominer les humains dénués de pouvoirs magiques. Afin de déjouer les plans de Grindelwald, Albus Dumbledore (Jude Law) fait appel à son ancien élève Norbert Dragonneau, qui accepte de lui prêter main-forte sans soupçonner les dangers qui le guettent. Alors que belligérants ont choisi leur camp, l’amour et la loyauté seront mis à rude épreuve entre amis et au sein d’une même famille, dans un monde magique de plus en plus divisé.